Dall'Antichità al Medioevo
Secondo una teoria non confermabile allo stato attuale delle ricerche, il primo insediamento risalirebbe all'epoca neolitica, visto il ritrovamento nel lago di Monate, assai vicino a Comabbio, di palafitte risalenti al periodo in questione. Più probabile è il IV sec. a.C., dal momento che il termine 'Comabbio' pare derivi dal celtico 'com', ossia 'curva' o 'conca', a descrivere la conformazione morfologica del luogo che, addossato ad una catena di colline moreniche, offre proprio tale idea. Certezze si hanno dal I sec. d.C., periodo a cui si data un sepolcreto romano quale testimonianza incontrovertibile della presenza di un villaggio romano proprio in quel periodo. Il Bertolone segnala il ritrovamento ai primi del Novecento di materiali archeologici riconducibili a età imperiale, materiali un tempo conservati al Museo Civico di Varese ed oggi andati perduti. Indubbia è la presenza, sempre in quel periodo, di numerose strade di romana fattura che passavano proprio per Comabbio e ne garantirono in epoche seguenti una certa prosperità.
La storia di Comabbio è meglio ricostruibile dal 1005 in poi, anno della prima citazione rinvenuta negli atti notarili del Museo Diplomatico. Si da oramai per scontato che la Pieve di Brebbia, di cui all'epoca faceva parte anche Comabbio, fosse stata ceduta, insieme a molti altri feudi, all'arcivescovo di Milano Valperto dall'imperatore Ottone I intorno al 960 d.C., quale riconoscimento dei servigi resi dal prelato al neoeletto imperatore. Non a caso il 22 giugno del 999 d.C. si legge che la Pieve di Brebbia fosse già in possesso all'arcivescovado milanese. Quali conseguenze di questo fatto storico si hanno a Comabbio due circostanze: la prima è l'accrescimento della presenza fondiaria arcivescovile entro i confini comabbiesi dalla fine del X secolo in poi, la seconda è la nomina della famiglia de Curte di Brebbia quali feudatari di Comabbio. Di incerta proprietà è invece il castrum, risalente al X secolo in epoca di invasioni ungare, per il quale l'ipotesi più accreditata lo verrebbe edificato da un consorzio di ricchi proprietari fondiari, poi in seguito ceduto alla famiglia de Curte. La sua struttura, ricostruita da Lorenzo Frascotti, era quella del comunecastello-recinto, per adottare la definizione cara a Carlo Perogalli, ossia una possente cinta muraria di cinque metri per uno di spessore cui erano annesse due torri, l'una d'avvistamento e l'altra con funzione di porta del villaggio. Parte delle mura sono ancora visibili e perfettamente integre. All'interno delle mura vi era un abitato più recente, il vicus,mentre il più antico, la villa, si stendeva sul lato sud-est del castrum. La vita economica della Comabbio a cavallo fra l'XI e il XIII secolo era fiorente.
Buona parte della popolazione era impiegata in agricoltura, in particolare coltivazioni cerealicole, noci, alberi da frutto; un'altra parte era impiegata nell'allevamento ittico, come testimonia la presenza di numerose peschiere che si rinviene negli atti del Museo Diplomatico; un'altra era impiegata nell'edilizia; un'altra nell'allevamento soprattutto di ovini; una parte consistente, infine, era costituita da ricchi proprietari terrieri fra cui spiccano i nomi della famiglia de Curte, de Solario, de Puteo, de Fontana, Brugnoli de Ecclesia, de Besutio, una straordinaria concentrazione che si spiega solo con l'importanza del locus. Altissimo era il valore commerciale dei terreni agricoli, pari al quadruplo della vicina Ternate, al quintuplo della vicina Varano e a dieci volte Cologno Monzese. Tecnicamente evoluti erano i sistemi di irrigazione e di bonifica dei terreni paludosi, nonché la vita politica della cittadina che sicuramente fra il 1187 e il 1221 vantava una struttura di tipo comunale con doppia rappresentanza consolare per rustici e cortesi. Risalente ad epoca longobarda era l'allora chiesa di Santa Maria, ampliata nel XII secolo con un porticato esterno e un campanile romanico. Alla seconda metà del XII risale la chiesa di San Giacomo di Alfeo, abbattuta nel 1609 per far posto all'attuale Santuario della Beata Maria Vergine del Rosario.
La coesistenza di due edifici religiosi nella stessa piazza è un topos dell'architettura varesina, ma riservata ai centri plebani di Angera, Brebbia, Domo Valtravaglia e Olgiate Olona, un lusso che denota già di suo l'importanza del luogo in epoca medioevale.
Dal Trecento all'Epoca Contemporanea
La località di Comabbio, citata negli statuti delle strade e delle acque del contado di Milano, era tra le comunità che contribuivano alla manutenzione della strada di Rho. Il comune nel 1751 risultava infeudato al conte Giulio Visconti, mentre il libro delle entrate camerali riporta il nome di Lodovico Visconti. Al comune risultava aggregata nella mappa la comunità di S. Sepolcro, di 30 anime, per cui era prevista una successiva aggregazione a Ternate. In realtà però le due comunità erano separate, anche per quanto riguardava i carichi fiscali. Le due comunità utilizzavano congiuntamente la palude Brabbia, pagando 6 lire all’anno. Il giudice competente era il podestà di Gavirate. Il console prestava il proprio giuramento alla banca criminale dell’ufficio di Gallarate, competente per le cause di maggior magistrato.
Non vi era consiglio e l’amministrazione era regolata da due sindaci eletti dalla comunità, previo il suono della campana. I sindaci, che rimanevano in carica per due o tre anni, secondo l’accordo, curavano i pubblici affari e vigilavano sull’esattezza dei riparti. Il cancelliere, cui si pagavano d’onorario 30 lire ogni anno, più l’esenzione del carico personale annuo, era residente in Comabbio e conservava le scritture in una cassa nella propria abitazione. Il comune non aveva procuratori né agenti. Nel compartimento territoriale del 1757 Comabbio risultava far parte della pieve di Brebbia. A seguito del compartimento territoriale della Lombardia austriaca del 1786, Comabbio, sempre compreso nella pieve di Brebbia, entrò a far parte della provincia di Gallarate.
Il territorio venne successivamente inserito nella provincia di Milano e nel 1791, abolite le intendenze politiche, le terre della pieve di Brebbia vennero a trovarsi comprese nella provincia di Milano. Per effetto della legge 26 marzo 1798 di organizzazione del dipartimento del Verbano il comune di Comabbio venne inserito nel distretto di Besozzo. Soppresso il dipartimento del Verbano, con la successiva legge 26 settembre 1798 di ripartizione territoriale dei dipartimenti d’Olona, Alto Po, Serio e Mincio, Comabbio entrò a far parte del distretto di Angera inserito nel dipartimento dell’Olona. Nel compartimento territoriale del 1801 il comune fu collocato nel distretto II di Varese del dipartimento del Lario. Nel 1805, un ulteriore compartimento territoriale inserì Comabbio nel cantone III di Angera del distretto II, di Varese, del dipartimento del Lario.
Il comune, di III classe, aveva 331 abitanti. Il 21 dicembre 1807 Comabbio e le terre circonvicine avanzarono una petizione per essere aggregate al dipartimento d’Olona. A seguito dell’aggregazione dei comuni del dipartimento del Lario, in accordo con il piano previsto già nel 1807 e parzialmente rivisto nel biennio successivo, il comune denominativo di Comabbio, con i comuni aggregati di Comabbio, Mercallo, Osmate, e con 896 abitanti complessivi, figurava nel cantone II di Gavirate del distretto II di Varese, e come tale, comune di III classe, fu confermato con il successivo compartimento territoriale del dipartimento del Lario. Con l’attivazione dei comuni della provincia di Como, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, il comune di Comabbio fu inserito nel distretto XV di Angera. Comabbio, comune con convocato, fu confermato nel distretto XV di Angera in forza del successivo compartimento territoriale delle province lombarde. Nel 1853, Comabbio, comune con convocato generale e con una popolazione di 553 abitanti, fu inserito nel distretto XX di Angera.
In seguito all’unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Comabbio, con 531 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due, fu incluso nel mandamento VI di Angera, circondario II di Varese, provincia di Como. Alla costituzione nel 1861 del Regno d’Italia, il comune aveva una popolazione residente di 593 abitanti. In base alla legge sull’ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Nel 1867 il comune risultava incluso nello stesso mandamento, circondario e provincia. Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Varese della provincia di Como.
In seguito alla riforma dell’ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Nel 1927 il comune venne aggregato alla provincia di Varese. In seguito alla riforma dell’ordinamento comunale disposta nel 1946 il comune di Comabbio veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Nel 1971 il comune di Comabbio aveva una superficie di ettari 476.